Zubieta es un pueblo situado en la parte denominada geográficamente Navarra Húmeda del Noroeste, dentro del valle histórico de Santesteban de Lerín, que actualmente conforma el valle de Malerreka. Se encuentra en la carretera comarcal NA-170 que une Lekunberri con Doneztebe / Santesteban.
La localidad cuenta con cinco núcleos dispersos de población fuera del núcleo urbano: Ameztia, Aurkidi, Azkota, Mendrasa y Sarekoa. Topográficamente, Zubieta se halla emplazado en ladera descendente hasta el río. Su configuración no es muy clara, aunque, tal vez, partiendo del centro del núcleo urbano donde se hallan el Ayuntamiento, la plaza y el frontón, podría decirse que ha podido ser construído en estrella.
Zubieta está ubicado en la cuenca de Ezkurra, que es una de las típicas depresiones de la Navarra Húmeda del Noroeste. Se caracteriza por formar un pasillo estrecho y trazado zigzagueante, especialmente en Zubieta, a partir de cuyo núcleo urbano comienza a abrirse coincidiendo con el inicio de la terraza fluvial del río Ezkurra.
La cumbre más alta de este municipio se encuentra a 713 metros, en el monte Ameztia, que va descendiendo gradualmente en dirección Oeste a Este hasta llegar a los 125 metros que marca el cauce de los ríos Ezkurra y Ezpelura. Como es de esperar, en el contraste de estas alturas encontramos marcados desniveles y acentuados barrancos, acompañados de numerosas regatas en sentido perpendicular a los ríos Ezkurra y Baztan-Bidasoa, en los que vierten sus aguas.
En los montes y alrededores de Zubieta podemos encontrar una gran variedad de especies, de entre los que hay que destacar:
En las superficies exentas de arbolado, las vegetaciones que afloran son los helechales, praderas naturales, pastizales y matorrales entre otros.
El clima de esta zona es de carácter templado-oceánico debido a factores latitudinales de proximidad al Océano Atlántico.
La característica climática más evidente es la elevada pluviometría, repartida de forma regular a lo largo del año.
Todo el término se encuentra en el paso de las borrascas de procedencia atlántica y éstas son también activas durante el verano; por tanto, no se aprecia periodo de sequía alguno. Los valores pluviométricos oscilan alrededor de los 1.800 mm, caídos en unos 180 días de precipitación, siendo enero el mes más lluvioso, con 225,8 mm.
La temperatura media anual es de 13,8 ºC, siendo enero el mes más frío con 6,7 grados de media. En contraste, el mes más cálido es julio, con 21,5 ºC de media.